Новые доказательства гипотезы РНК-мира: ученые обнаружили способ самовоспроизведения молекул без участия белков. Согласно гипотезе мира РНК, эта макромолекула изначально могла быть единственной ответственной за клеточную или доклеточную жизнь. Мир РНК утверждает, что когда РНК сформировалась на Земле, она начала размножаться, а затем породила такие молекулы, как ДНК. Обнаружены доказательства гипотезы РНК-мира, технологии, новости экономики, Банки, банк, кредит, проценты, ставки, финансы, курсы валют, деловые новости.
Подписка на дайджест
- Почему РНК не хватало
- Ученые нашли новые доказательства РНК-мира
- Учеными из США найдены новые доказательства РНК-мира | Медицина и наука
- Рибозим со свойствами РНК-полимеразы синтезировал функциональные молекулы РНК — PCR News
Тайна появления жизни на Земле
В конце концов, не эти ли два слагаемых — изменчивость и смерть — порождают всю сумму жизни?.. Научно: Панспермия Гипотеза о занесении жизни на Землю с других космических тел имеет массу авторитетных защитников. На этой позиции стоял великий немецкий ученый Герман Гельмгольц и шведский химик Сванте Аррениус, российский мыслитель Владимир Вернадский и британский лорд-физик Кельвин. Однако наука — область фактов, и после открытия космической радиации и ее губительного действия на все живое панспермия, казалось, умерла. Но чем глубже ученые погружаются в вопрос, тем больше всплывает нюансов. Так, теперь — в том числе и поставив многочисленные эксперименты на космических аппаратах — мы с куда большей серьезностью относимся к способностям живых организмов переносить радиацию и холод, отсутствие воды и прочие «прелести» пребывания в открытом космосе. Находки всевозможных органических соединений на астероидах и кометах, в далеких газопылевых скоплениях и протопланетных облаках многочисленны и не вызывают сомнений. А вот заявления об обнаружении в них следов чего-то подозрительно напоминающего микробы остаются недоказанными. Легко заметить, что при всей своей увлекательности теория панспермии лишь переносит вопрос о возникновении жизни в другое место и другое время.
Что бы ни занесло первые организмы на Землю — случайный ли метеорит или хитрый план высокоразвитых инопланетян, они должны были где-то и как-то родиться. Пусть не здесь и гораздо дальше в прошлом — но жизнь должна была вырасти из безжизненной материи. Вопрос «Как? Ненаучно: Самозарождение Спонтанное происхождение высокоразвитой живой материи из неживой — как зарождение личинок мух в гниющем мясе — можно связать еще с Аристотелем, который обобщил мысли множества предшественников и сформировал целостную доктрину о самозарождении. Как и прочие элементы философии Аристотеля, самозарождение было доминирующей доктриной в Средневековой Европе и пользовалось определенной поддержкой вплоть до экспериментов Луи Пастера, который окончательно показал, что для появления даже личинок мух нужны мухи-родители. Не стоит путать самозарождение с современными теориями абиогенного возникновения жизни: разница между ними принципиальная. В опытах Миллера — Юри было получено больше 20 аминокислот, сахара, липиды и предшественники нуклеиновых кислот. Современные вариации этих классических экспериментов используют куда более сложные постановки, которые точнее соответствуют условиям ранней Земли.
Имитируются воздействия вулканов с их выбросами сероводорода и двуокиси серы, присутствие азота и т. Так ученым удается получать огромное и разнообразное количество органики — потенциальных кирпичиков потенциальной жизни. Главной проблемой этих опытов остается рацемат: изомеры оптически активных молекул таких как аминокислоты образуются в смеси в равных количествах, тогда как вся известная нам жизнь за единичными и странными исключениями включает лишь L-изомеры. Впрочем, к этой проблеме мы еще вернемся. Здесь же стоит добавить, что недавно — в 2015 году — кембриджский профессор Джон Сазерленд John Sutherland со своей командой показал возможность образования всех базовых «молекул жизни», компонентов ДНК, РНК и белков из весьма нехитрого набора исходных компонентов. Главные герои этой смеси — циановодород и сероводород, не столь уж редко встречающиеся в космосе. К ним остается добавить некоторые минеральные вещества и металлы, в достаточном количестве имеющиеся на Земле, — такие как фосфаты, соли меди и железа. Ученые построили детальную схему реакций, которая вполне могла создать насыщенный «первичный бульон» для того, чтобы в нем появились полимеры и в игру вступила полноценная химическая эволюция.
Однако было не ясно, как такая молекула может возникнуть из предшественников, не способных к каталитической активности. Оказалось, что рибозим, который способен расщеплять другие молекулы, может возникнуть спонтанно, поскольку для обеспечения его функции необходимы только несколько консервативных оснований. Однако оставалась проблема, как именно это свойство сохранилось в ходе биохимической эволюции. Исследователи разработали модель, которая имитирует случайные разрывы в простых молекулах РНК, лишенные ферментативной активности. В результате возникали короткие цепочки РНК, которые действовали как праймеры — затравки для синтеза более длинных цепей РНК.
Путём последовательного удвоения доз яда была выведена порода РНК, стойкая к очень высоким его концентрациям. Всего в эксперименте сменилось 100 пробирочных поколений и намного больше поколений РНК, так как поколения сменялись и внутри каждой пробирки. Хотя в этом эксперименте РНК-репликаза добавлялась в раствор самими экспериментаторами, Оргел обнаружил, что РНК способны и к спонтанному самокопированию, без добавления фермента, правда, намного медленнее. Дополнительный эксперимент был позже проведён в лаборатории немецкой школы Манфреда Ейгена. Она была создана постепенно нарастающей эволюцией. Фактором, играющим роль давления отбора, являлась ограниченность субстрата исходных химических реактивов в среде , из которых РНК строили свои копии. При построении копий иногда случались дефекты — мутации — влияющие на их каталитическую активность. По этому признаку и происходил отбор молекул: наиболее быстро копирующиеся молекулы быстро начинали доминировать в среде. Затем часть их переносилась в новую среду, богатую субстратом, где это повторялось. За 3 суток каталитическая активность молекул за счёт всего 11 мутаций увеличилась в 90 раз.
Тогда швейцарский физиолог Иоганн Фридрих Мишер выделил ее вместе с ДНК в виде непонятного нового вещества, которое он назвал нуклеином — в честь клеточного ядра по-латински nucleus. Потом удалось выяснить состав сахаров, и РНК получила свое современное название. Вплоть до 1940-х годов многие считали , что РНК — это нуклеиновая кислота растений и одноклеточных, тогда как ДНК можно найти только у животных. Когда экспериментально было показано, что это не так, тут же начались разговоры о том, зачем вообще она нужна. Уже в середине века стала складываться концепция молекулярной догмы, когда было обнаружено, что РНК участвует в синтезе белка, связываясь с микросомами — теперь мы знаем эти органеллы под названием рибосом. Постепенно РНК заняла свою позицию в догме — она работает как агент, связывающий ДНК и белок, параллельно с этим выполняя ряд других функций: от переноски аминокислот до регуляции генов. И чем больше открывали у РНК возможностей, тем больше было вопросов к ее реальному месту в жизненном цикле клетки и организма в целом. Предпосылки развития гипотезы РНК — уникальная молекула. Основная ее функция — это связь между геном и белком, она выражена в центральной догме молекулярной биологии: ДНК — РНК — белок. Нужный для синтеза ген, представленный в виде двухцепочечной ДНК, служит матрицей для создания одноцепочечной РНК, точно повторяющей структуру этого гена и способной перенести инструкцию по сборке белка из ядра в цитоплазму клетки. В цитоплазме РНК «находит» рибосому — молекулярную «машину» для синтеза белка. Рибосома, «читая» нуклеотиды в РНК, подбирает для будущего белка аминокислоты согласно генетическому коду — почти каждому триплету то есть трем нуклеотидам соответствует какая-то аминокислота есть еще несколько стоп-кодонов, прерывающих синтез белка, и старт-кодон, с которого всё начинается. Так, нанизывая аминокислоту за аминокислотой, рибосома формирует белок. И если раньше считалось, что РНК — это просто помощник, то за последние годы появилось много данных, опровергающих ее подчиненное положение. Вполне возможно, что РНК не серая мышь рядом со своей куда более известной сестрой, а серый кардинал за ее троном. Оказалось, что РНК не только играет роль посредника между ДНК и синтезом белка, но и обладает каталитической активностью, то есть может работать как фермент. Долгое время считалось, что ферментами могут быть исключительно белки, и открытие рибозимов — РНК-ферментов — перевернуло представления науки о функциях РНК. Обнаружили каталитическую активность практически случайно. Зачем в ферментах РНК? Белок и нуклеиновую кислоту «разделили» и… неожиданно отметили, что и лишенная белка РНК справлялась со своей каталитической функцией. Сначала биохимики подумали, что это ошибка, артефакт, оставшийся или занесенный извне белок — но и искусственно созданная РНК с той же последовательностью работала как фермент. Стало понятно, что ферментативная активность больше не прерогатива белков. Дальше — больше. Помимо каталитической активности удалось обнаружить еще одно свойство — это регулирование экспрессии генов, то есть степени их проявления. Даже сейчас известны тысячи различных РНК, участвующие в подавлении активности гена на всех стадиях его проявления, от считывания ДНК до непосредственного белкового синтеза. Причем оказалось, что интерферирующая РНК может быть даже… двухцепочечной. Простыми словами интерференцию можно объяснить так: маленькие молекулы РНК комплементарны тем генам, которые нужно заглушить или каким-то другим образом повлиять на их активность, и благодаря таким РНК-«ориентировкам» ферменты-киллеры могут найти уже синтезированную матричную РНК, то есть копию гена, по которой будет работать рибосома, и уничтожить ее.
Установлено, как первые формы жизни, возможно, упаковывали РНК
Эта работа подрывает так называемую «гипотезу мира РНК», которая утверждает, что РНК сформировала основу биосферы Земли задолго до того, как появились ДНК и другие молекулы, важные для жизни, хотя доказательств этого было недостаточно. «Я убежден, что гипотеза РНК-мира неверна», -говорит профессор отделения растениеводства (University of Illinois crop sciences) и Института геномной биологии. Смелая гипотеза оказалась пророческой, в начале 80-х были найдены первые рибозимы — биокатализаторы на основе РНК. Чтобы гипотеза о мире РНК была достоверной, мы должны представить себе, что достаточно длинный предшественник РНК, способный к репликации, мог спонтанно появиться в пребиотическом супе.
Обнаружены новые доказательства РНК-мира
рибозимов - в 1982-1983. Окончательная уверенность в том, что «мир РНК» действительно существовал, наступила после выявления деталей строения кристаллов рибосом методом рентгеноструктурного анализа. гипотеза, с которой срослась проблема внезапного (для учёных особенно) возникновения жизни на совсем молодой, не оформившейся, подвергающейся. Ученые из Института биологических исследований Солка провели исследования, подтверждающие гипотезу о мире РНК. Последние новости по теме рнк. Согласно гипотезе РНК-мира, молекула РНК играла ключевую роль в молекулярных процессах и биохимических реакциях, которые привели к появлению жизни на Земле. Суть гипотезы РНК-мира заключается в том, что первые формы жизни на Земле могли состоять из РНК-молекул, способных к самовоспроизведению без помощи белковых ферментов.
Тайна появления жизни на Земле
Согласно гипотезе РНК-мира, первые репликаторы структуры, способные к размножению на Земле представляли собой РНК-молекулы, способные катализировать собственное воспроизведение без помощи белковых ферментов. Однако было не ясно, как такая молекула может возникнуть из предшественников, не способных к каталитической активности. Оказалось, что рибозим, который способен расщеплять другие молекулы, может возникнуть спонтанно, поскольку для обеспечения его функции необходимы только несколько консервативных оснований. Однако оставалась проблема, как именно это свойство сохранилось в ходе биохимической эволюции. Исследователи разработали модель, которая имитирует случайные разрывы в простых молекулах РНК, лишенные ферментативной активности.
Как именно это произойдет? Ватные каплиЗарождение жизни объяснили без участия бога Исследователи разработали модель, которая имитирует случайные разрывы в простых молекулах РНК, лишенные ферментативной активности. В результате возникали короткие цепочки РНК, которые действовали как праймеры — затравки для синтеза более длинных цепей РНК. Этот неферментативный механизм приводил к образованию большого количества копий разрушенного полимера, подобно тому, как регенерируют черви, разрезанные на сегменты. Во второй модели способные к спонтанному образованию рибозимы, катализирующие расщепление, были добавлены к пулу полимерных РНК-цепочек, которых они разрезали при столкновении.
В результате образовывались короткие цепочки, которые действовали как затравки для синтеза более длинных молекул. Этот механизм приводил к образованию большого количества копий разрушенного полимера. Во второй модели к пулу РНК-цепочек, способных к спонтанному образованию рибозим, были добавлены ферменты, катализировавшие расщепление. Полимерные цепочки могли спариваться определенным образом, что приводило к образованию молекул РНК, способных к саморазрушению.
Во второй модели к пулу РНК-цепочек, способных к спонтанному образованию рибозим, были добавлены ферменты, катализировавшие расщепление.
Полимерные цепочки могли спариваться определенным образом, что приводило к образованию молекул РНК, способных к саморазрушению. Репликация полимера осуществлялась за счет циклического изменения температуры, что позволяет предположить, что древние полимеры могли размножаться при помощи циклов день-ночь. Неорганические поверхности, такие как камни, также могли способствовать этому процессу.
Американские ученые выявили новое объяснение возникновения жизни на Земле
В новом прорыве, который может кардинально изменить наше понимание происхождения жизни на Земле, исследователи из Брукхейвенской национальной лаборатории обнаружили свидетельства гипотезы РНК-мира. Гипотеза о существовании мира РНК получила новую жизнь после исследований, продемонстрировавших то, что молекулы РНК проявляют более высокую каталитическую активность в условиях, сходных с теми, что существовали на Земле миллиарды лет назад. Согласно гипотезе РНК-мира, молекула РНК играла ключевую роль в молекулярных процессах и биохимических реакциях, которые привели к появлению жизни на Земле. Новости Российского национального комитета мирового нефтяного совета. Это новое исследование ставит под сомнение гипотезу мира РНК, которая предполагает, что самовоспроизводящиеся молекулы РНК были предшественниками всех современных форм жизни на Земле. Новые доказательства гипотезы РНК-мира: ученые обнаружили способ самовоспроизведения молекул без участия белков. Главная/Биология/Моделирование происхождения жизни: Новые доказательства существования "мира РНК".
Тайна появления жизни на Земле
Хотя гипотеза мира РНК восторжествовала, некоторые ученые были с ней не согласны. Понятно, что существенный аргумент гипотезы РНК-мира состоит в том, что эта гипотеза создает "простой" переходный мостик между абиогенной органикой и клетками. В 1964 г. Темин выдвинул гипотезу о существовании вирусспецифичного фермента, способного синтезировать на РНК-матрице комплементарную ДНК. Сторонники гипотезы РНК-мира считают, что на начальном этапе зарождения жизни на нашей планете возникли автономные РНК-системы, которые катализировали «метаболические» реакции (например, синтеза новых рибонуклеотидов) и самовоспроизводились.
Обнаружены новые доказательства РНК-мира
В присутствии матрицы и праймера ферменты Джойса могли реплицировать РНК длиной более 100 нуклеотидов. В работе 2020 года исследователи получили РНК-полимеразы класса I, способные синтезировать своего «предка» — РНК-лигазу класса I — в виде трех отдельных цепей, которые затем собирались в функциональный рибозим. На этом примере можно понять, как работает эволюция РНК in vitro. Один из этапов эволюции РНК-полимеразы класса I —рибозима, производящего рибозимы. Credit: PNAS, 2020. DOI: 10.
На праймер отжигается матрица коричневый для синтеза участка РНК, превращающего шпильку с биотином в рибозим — молекулу РНК типа «головка молота» hammerhead , которая разрезает сама себя. Полимераза синтезирует hammerhead голубой на матрице, и вся конструкция захватывается на магнитные шарики со стрептавидином. Если hammerhead успешно синтезирован а в нем есть участок, крайне чувствительный к ошибкам , он вносит разрез в оранжевый участок, полимераза высвобождается, подвергается обратной транскрипции и ПЦР-амплификации; затем с помощью транскрипции синтезируются дочерние молекулы полимеразы, и цикл повторяется.
Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории опубликовали статью в журнале eLife, в которой сообщили о новых доказательствах в пользу гипотезы РНК-мира Источник фото: Фото редакции В соответствии с данной гипотезой, на Земле первые репликаторы, способные к размножению, были представлены РНК-молекулами, способными самостоятельно катализировать свое воспроизведение без участия белковых ферментов.
Недавние исследования позволили ученым выяснить, что рибозим, обладающий способностью расщеплять другие молекулы, может возникнуть спонтанно вследствие нескольких консервативных оснований, необходимых для обеспечения его функционирования. Долгое время оставался вопрос о том, каким образом это свойство сохранялось в процессе биохимической эволюции. Путем разработки моделей исследователи выяснили, что случайные разрывы в простых молекулах РНК приводили к образованию коротких цепочек, действующих как праймеры для синтеза более длинных полимеров РНК.
РНК — макромолекулы, в хранении и передаче информации не столь эффективные, как ДНК, а в выполнении ферментативных функций — не столь впечатляющие, как белки. Зато молекулы РНК способны и на то, и на другое, и до сих пор они служат передаточным звеном в информационном обмене клетки, и катализируют целый ряд реакций в ней.
РНК же может быть полностью автономной: она способна катализировать собственное «размножение» — и для начала этого достаточно. Исследования в рамках гипотезы «мира РНК» показали, что эти макромолекулы способны и к полноценной химической эволюции. Взять хотя бы наглядный пример, продемонстрированный калифорнийскими биофизиками во главе с Лесли Оргелом Lesley Orgel : если в раствор способной к саморепликации РНК добавить бромистый этидий, служащий для этой системы ядом, блокирующим синтез РНК, то понемногу, со сменой поколений макромолекул, в смеси появляются РНК, устойчивые даже к очень высоким концентрациям токсина. Примерно так, эволюционируя, первые молекулы РНК могли найти способ синтезировать первые инструменты-белки, а затем — в комплексе с ними — «открыть» для себя и двойную спираль ДНК, идеальный носитель наследственной информации. По мнению ее сторонников, никакая жизнь вовсе никогда не возникала — как не рождалась и Земля, не появлялся и космос: они просто были всегда, всегда и пребудут.
Все это не более обосновано, нежели черви Паньгу: чтобы всерьез принять такую «теорию», придется забыть о бесчисленных находках палеонтологии, геологии и астрономии. А по сути, отказаться от всего грандиозного здания современной науки — но тогда, наверное, стоит отказаться и от всего того, что полагается его жителям, включая компьютеры и безболезненное лечение зубов. Научно: Протоклетки Однако простой репликации для «нормальной жизни» недостаточно: любая жизнь — это, прежде всего, пространственно изолированный участок среды, разделяющий процессы обмена, облегчающий течение одних реакций и позволяющий исключать другие. Иначе говоря, жизнь — это клетка, ограниченная полупроницаемой мембраной, состоящей из липидов. И «протоклетки» должны были появляться уже на самых ранних этапах существования жизни на Земле — первую гипотезу об их происхождении высказал хорошо знакомый нам Александр Опарин.
В его представлении «протомембранами» могли служить капельки гидрофобных липидов, напоминающие желтые капли масла, плавающего в воде. В целом идеи ученого принимаются и современной наукой, занимался этой темой и Джек Шостак, получивший за свои работы Медаль Опарина. Вместе с Катаржиной Адамалой Katarzyna Adamala он сумел создать своего рода модель «протоклетки», аналог мембраны которой состоял не из современных липидов, а из еще более простых органических молекул, жирных кислот, которые вполне могли накапливаться в местах возникновения первых протоорганизмов. Шостаку и Адамале удалось даже «оживить» свои структуры, добавив в среду ионы магния стимулирующие работу РНК-полимераз и лимонную кислоту стабилизирующую структуру жировых мембран. В итоге у них получилась совершенно простая, но в чем-то живая система; во всяком случае это была нормальная протоклетка, которая содержала защищенную мембраной среду для размножения РНК.
С этого момента можно закрыть последнюю главу предыстории жизни — и начать первые главы ее истории. Поэтическая картина вечного странствия каждой живой души по бесконечному множеству миров и их обитателей, ее перерождения то в ничтожное насекомое, то в возвышенного поэта, а то и в существо, неизвестное нам, демона или бога. Несмотря на отсутствие идей реинкарнации, Ницше эта идея действительно близка: вечность вечна, а значит, любое событие в ней может — и должно повториться вновь. И каждое существо без конца вращается на этой карусели всеобщего возвращения, так что только голова кружится, а сама проблема первичного происхождения исчезает где-то в калейдоскопе бесчисленных повторений. Научно: Эндосимбиоз Взгляните на себя в зеркало, всмотритесь в глаза: существо, с которым вы переглядываетесь, это сложнейший гибрид, возникший в незапамятные времена.
Еще в конце XIX века немецко-английский естествоиспытатель Андреас Шимпер Andreas Schimper заметил, что хлоропласты — органеллы растительной клетки, ответственные за фотосинтез, — реплицируются отдельно от самой клетки. Вскоре появилась гипотеза о том, что хлоропласты — это симбионты, клетки фотосинтезирующих бактерий, когда-то проглоченные хозяином — и оставшиеся жить здесь навсегда. Разумеется, хлоропластов у нас нет, иначе бы мы могли питаться солнечным светом, как предлагают некоторые псевдорелигиозные секты.
Другим существенным отличием является используемый набор оснований РНК , который включает урацил вместо тимина , используемого ДНК. Это аналогичные молекулы, хотя для производства урацила требуется меньше энергии. С точки зрения спаривания соответствующих последствий нет: аденин способен безразлично связывать оба основания. Реальным ограничением использования урацила является то, что он может быть результатом дезаминирования цитозина , что делает молекулы РНК особенно восприимчивыми к мутациям, которые заменяют пары оснований , такие как GC на GU.
Структура РНК делает ее длинные нити хрупкими по своей природе, которые могут подвергаться деградации посредством гидролиза. Ароматические основания, которые эффективно поглощают УФ -излучение , также очень склонны к структурным модификациям, что делает точность такого сохранения очень низкой. Наличие такой оптимизированной молекулы , как ДНК, объясняет, почему сегодня для этой цели не используется РНК, но не исключает, что это могло иметь место на первобытных стадиях жизни на Земле. Значение гипотезы Свойства РНК делают существование мира РНК концептуально возможным, хотя его правдоподобие как объяснение происхождения жизни все еще обсуждается. Несколько иная версия гипотезы состоит в том, что другой тип нуклеиновой кислоты , называемый пре-РНК , первым появился в виде самовоспроизводящейся молекулы, но впоследствии был заменен РНК. Наиболее убедительным доказательством является то, что в рибосоме , состоящей из белков и рибосомной РНК, синтез белка осуществляется не ферментами которые являются белками , а рибосомной РНК , которая в данном случае ведет себя как рибозим. Вторым важным тестом является явление сплайсинга , когда молекула пре-РНК способна разрезать себя без вмешательства ферментов, хотя вмешательство белков, как и в случае с рибосомами, стабилизирует и действует как «каркас» для реакции.
Опять же, вироиды , простейшие самовоспроизводящиеся объекты, состоят из РНК, которая действует как рибозим. РНК также представляет собой единственный генетический материал некоторых вирусов, таких как ретровирусы , что доказывает, что только РНК может составлять геном. Эти и другие свидетельства, присутствующие в современных живых организмах, убедительно подтверждают идею о том, что РНК была последней самореплицирующейся молекулой до появления ДНК [13]. Хотя нуклеотиды не были идентифицированы в классическом эксперименте Миллера-Юрея , есть и другие эксперименты, такие как эксперимент Джоана Оро , которые подчеркивают их возможный автономный синтез в условиях окружающей среды, характерных для происхождения жизни. В последующем эксперименте в менее восстановительной атмосфере, чем у Юри, были получены нуклеотиды [14] , что еще больше укрепило гипотезу мира РНК. Эта гипотеза также подтверждается исследованиями очень простых рибозимов, таких как вирусные Q-бета РНК , которые продемонстрировали способность к самовоспроизведению даже под очень сильным селективным давлением.
Появилась новая гипотеза возникновения ДНК и РНК
Ученые Брукхейвенской национальной лаборатории обнаружили новые доказательства гипотезы РНК-мира. Ученые из Института биологических исследований Солка провели исследования, подтверждающие гипотезу о мире РНК. Ранее считалось, что на Земле способная к размножению жизнь возникла на основе РНК-молекул (так называемая, гипотеза РНК-мира).
РНК умеет все?
- Гипотеза «мира РНК» и происхождение жизни | Блог Genotek
- Рибозим со свойствами РНК-полимеразы синтезировал функциональные молекулы РНК
- гипотеза "Мир-РНК"
- THE CONCEPT OF THE «RNA WORLD»: THEORY AND PRACTICE
- Ученые нашли новые доказательства РНК-мира - Газета России
Молекулы РНК появились на Земле раньше молекул ДНК и белков
Получается, что РНК — это курица и яйцо одновременно. Дополнительным аргументом в пользу гипотезы существования древнего мира РНК стало обнаружение в 2019 году рибозы — сахара, входящего в состав РНК — в метеорите. Изотопный анализ показал внеземное происхождение этой рибозы.
Косвенно, РНК-мир находился и в противоречии свидетельствам палеонтологии. Если жизнь изначально возникла в глубинах, в перенасыщенных едкой химией горячих ключах, — то есть, в условиях экстремальных, то почему находки свидетельствуют об обратном?
Согласно летописи , жизнь очень долго и не охотно распространялась из идиллической среды тропических мелководий в условия даже чуть более суровые. Данные затруднения и обусловили возврат к основательно забытой за последние полвека «коацерватной» гипотезе академика Опарина. Забытой, как в связи с переносом возникновения жизни на два миллиарда лет ранее предполагавшихся Опариным сроков, так и в связи с выносящей мозг экстравагантностью. Ведь, в рамках гипотезы порядок развития события оказывался обратным, как казалось,естественному: протоклетка в виде парящей в воде капельки, впитывающей одни вещества и отторгающей другие, растущей благодаря этому и «размножающейся» делением, возникает раньше явления автокатализа и, соответственно, наследственности.
В новой редакции концепция Опарина получила название «гипотезы мира полиароматических углеводородов». Проверка а ранее не стяжавшая популярности гипотеза толком и не проверялась, не считая экспериментов самого автора внезапно показала, что этих ваших способных образовывать коацерватные капли полиароматических углеводородов в этом вашем космосе чуть больше, чем…много. Пятая часть углерода в составе туманностей входит в данные соединения.
Тем не менее, найти доказательства в пользу того, что РНК могла выполнять обе эти функции, гораздо сложнее. В современных биохимических системах молекулы РНК практически не участвуют в каталитических процессах, исключение составляют нуклеозиды — малые ядерные РНК, для работы которых требуется кофактор — ионы металла, чаще всего - магния. Однако Лорен Уильямс Loren Williams из Технологического Института Джорджии отмечает, что дискуссии со специалистами по геологии заставили его более точно смоделировать условия на Земле, которые существовали во время существования предполагаемого мира РНК, около 2,5 миллиардов лет назад — значительное количество ионов железа II и малая концентрация свободного кислорода в атмосфере.
Уильямс отмечает, что в присутствии кислорода железо разрушает РНК, однако в бескислородном окружении этого не происходит.
Молекула была подразделена на 60 относительно самостоятельных структурных блоков, основным из которых является каталитический центр пептидил-трансферазный центр, PTC, peptidyl-transferase centre , ответственный за транспептидацию образование пептидной связи. Было показано, что все эти блоки можно последовательно отсоединять от молекулы без разрушения её оставшейся части до тех пор, пока не останется один лишь транспептидационный центр. При этом он сохраняет способность катализировать транспептидацию. Если каждую связь между блоками молекулы представить в виде стрелки, направленной от того блока, который при отрыве не разрушается, к тому блоку, который разрушается, то такие стрелки не образуют ни одного замкнутого кольца. Если бы направление связей было случайным, вероятность этого составляла бы менее одной миллиардной.
Следовательно, такой характер связей отражает последовательность постепенного добавления блоков в процессе эволюции молекулы, который исследователям удалось детально реконструировать. Таким образом, у истоков жизни мог стоять сравнительно простой рибозим — PTC-центр молекулы 23S-рРНК, к которому затем добавлялись новые блоки, совершенствуя процесс синтеза белка. Предполагается, что такая структура возникла в результате дупликации удвоения одной исходной лопасти. Методом искусственной эволюции были получены функциональные РНК рибозимы , способные катализировать транспептидацию. Структура этих искусственно выведенных рибозимов очень близка к структуре той проторибосомы, которую «вычислили» авторы. Чаще всего постулируется необходимость агрегирующих РНК мембран или размещения РНК на поверхности минералов и в поровом пространстве рыхлых пород.
В 1990-е годы А. Четвериным с сотрудниками была показана способность РНК формировать молекулярные колонии на гелях и твёрдых субстратах при создании им условий для репликации. Происходил свободный обмен молекулами, которые при столкновении могли обмениваться участками, что показано экспериментально. Вся совокупность колоний в связи с этим быстро эволюционировала.
РНК у истоков жизни?
При таком сценарии первоначально РНК-вирусы приобрели бы систему двойной трансляции: первую систему для восстановления РНК до ДНК типа рибонуклеотидредуктазы и систему обратной транскрипции. Передача микробам Также кажется, что существует небольшая гомология между ферментами, необходимыми для репликации, репарации и рекомбинации ДНК у эубактерий , архей и эукариот : их общий предок, следовательно, не имел определенного количества этих ферментов ненужных при отсутствии генома ДНК. Эти белки затем появились бы независимо в каждой основной линии возможно, в некоторых случаях из вирусных генов. Большое филогенетическое распространение Несмотря на большое структурное и функциональное разнообразие, распределение РНК позволяет заново открыть деление живых существ. Таким образом, небольшие ядрышковые РНК являются общими только у архей и эукариот, теломеразная РНК присутствует только у эукариот, в то время как прокариоты являются единственными, кто обладает тмРНК. Эффективность белка «Четвертичная» структура белка.
Эти белки являются очень эффективными катализаторами, а не рибозимов. Точно так же в живом мире 20 аминокислот , но только четыре нуклеотида, поэтому белки намного разнообразнее РНК. Поэтому с эволюционной точки зрения маловероятно, чтобы белок-фермент был заменен ферментом РНК. И наоборот, если РНК появились задолго до появления белков, вполне вероятно, что они были заменены более эффективными белками. Этот аргумент подтверждается тем фактом, что РНК играет роль в синтезе белка благодаря своей фундаментальной роли в современных рибосомах.
Следовательно, РНК каким-то образом привела бы к появлению белков. Следовательно, белки, используемые в структуре рибосомы, должны были появиться позже: первые белки были бы выбраны в соответствии с их способностью улучшать функционирование рибозимов, чтобы в конечном итоге их заменить. Трудности Такие фундаментальные и древние явления очень трудно обосновать, так как долгая эволюция во многом стерла их возможные следы. РНК - сложная и хрупкая молекула. Чтобы гипотеза о мире РНК была достоверной, мы должны представить себе, что достаточно длинный предшественник РНК, способный к репликации, мог спонтанно появиться в пребиотическом супе.
Некоторым ученым это событие кажется маловероятным. Чтобы обойти эту трудность, было высказано предположение, что этому предшествовал предшественник, более простой, чем РНК. Также была выдвинута гипотеза о возникновении и развитии жизни в ледяной среде, при этом РНК легче растет во льду, чем при высоких температурах нуклеотиды естественным образом собираются с образованием цепей РНК, когда они находятся в замороженной среде. Однако успех пребиотического синтеза РНК командой Джона Сазерленда in в 2009 году показывает, что спонтанное появление РНК в «пребиотическом супе» не так невероятно, как первоначально предполагалось. В 2019 году был обнаружен механизм, который позволяет пребиотический синтез нуклеозидов РНК из обоих семейств, пуринов и пиримидинов , в одной и той же среде и путем простой последовательности сухих и влажных эпизодов.
В начале 1980-х годов в лаборатории Т. Чека и С. По аналогии с ферментами РНК-катализаторы были названы рибозимами, за их открытие Томасу Чеку в 1989 году была присуждена Нобелевская премия по химии. Более того, оказалось, что активный центр рибосом содержит большое количество рРНК. Также РНК способны создавать двойную цепочку и самореплицироваться. Таким образом, РНК могли существовать полностью автономно, катализируя «метаболические» реакции, например, синтеза новых рибонуклеотидов и самовоспроизводясь, сохраняя из «поколения» в «поколение» каталитические свойства. Накопление случайных мутаций привело к появлению РНК, катализирующих синтез определённых белков, являющихся более эффективным катализатором, в связи с чем эти мутации закреплялись в ходе естественного отбора. С другой стороны возникли специализированные хранилища генетической информации — ДНК. РНК сохранилась между ними как посредник. В 2009 году группе учёных из университета Манчестера под руководством Джона Сазерленда удалось продемонстрировать возможность синтеза уридина и цитидина с высокой эффективностью и степенью закрепления результата реакции а также с возможностью накопления конечных продуктов в условиях ранней Земли.
В то же время, хотя абиогенный синтез пуриновых оснований продемонстрирован достаточно давно в частности, аденин является пентамером синильной кислоты , их гликозилирование свободной рибозой аденозина и гуанозина пока показано лишь в малоэффективном варианте. Сначала темп синтеза был замедлен ядом, но примерно после девяти «пробирочных поколений» эволюции в процессе естественного отбора вывелась новая порода РНК, стойкая к яду. Путём последовательного удвоения доз яда была выведена порода РНК, стойкая к очень высоким его концентрациям. Всего в эксперименте сменилось 100 пробирочных поколений и намного больше поколений РНК, так как поколения сменялись и внутри каждой пробирки. Хотя в этом эксперименте РНК-репликаза добавлялась в раствор самими экспериментаторами, Оргел обнаружил, что РНК способны и к спонтанному самокопированию, без добавления фермента, правда, намного медленнее.
Источник фото: Фото редакции Другая модель включает спонтанно образующиеся рибозимы, которые при столкновениях разрезают полимерные цепочки, стимулируя их самовоспроизводство. Репликация происходила за счет циклического изменения температуры, что поддерживало процесс размножения, как в циклах день-ночь. Исследователи также отметили, что неорганические поверхности, вроде камней, могли способствовать этому процессу, что открывает новые горизонты в понимании начал биологической эволюции на Земле.
В результате эксперимента ученые показали, как отдельные виды РНК превратились в сложную систему: сеть репликаторов, состоящую из пяти типов РНК с разнообразными взаимодействиями. Это первое эмпирическое свидетельство того, что простые биологические молекулы могут привести к возникновению сложных систем, похожих на живые. Происхождение жизни согласно дарвиновской теории эволюции основано на переходе от самовоспроизводящихся молекул, таких как РНК, к сложным живым системам. Тем не менее, современная наука не дает четкого ответа на вопрос, каким образом произошел переход от отдельных химических молекул к сложным формам жизни. Одна из научных гипотез предполагает, что первоначально на Земле существовали несвязанные молекулы РНК, возможно, вместе с белками и другими органическими веществами. Затем около четырех млрд лет назад эти молекулы начали самовоспроизводиться и развиваться от одиночной молекулы в разнообразные сложные системы.